Der Breitlingsee gehört zum Seengebiet der Brandenburger Havelseen, zu denen auch der Mösersche See, Plauer See, Quenzsee sowie Wendsee zählen. Die auch als Stadtseen bezeichneten Seen bilden ein einheitliches und zusammenhängendes Gebiet mit zusammen beinahe 16,4 km² Fläche. Ihre Entstehungsgeschichte reicht bis in die Weichselkaltzeit vor etwa 16.000 Jahren zurück. Im Gegensatz zu den typisch langgestreckten Rinnenseen gehören die Stadtseen zu den Beckenseen mit weiten Flächen. Hier formte das fließende Eis der Grundmoräne unter enormen Druck eine Hohlform unter dem Eis aus. Durch feine Sedimente (oft Geschiebemergel oder Lehm) wurde der Boden des Hohlraums derart abgedichtet, dass sich das Schmelzwasser des Gletschers in dem Becken sammeln konnte. Mit Rückzug der Gletscher am Ende der Kaltzeit entstanden so die heutigen Stadtseen von Brandenburg an der Havel. Sie bilden heute eine geographischen Trennung zwischen der eigentlichen Stadt und den Stadtteilen Plaue und Kirchmöser. Die Uferbereiche sind flach und die maximale Wassertiefe beträgt 6,7 m. Das Seengebiet umfasst neben der größten Insel Kienwerder noch drei weitere Inseln: die kleinere Insel Buhnenwerder-Wustarau, die wegen ihrer seltenen Hölzer als Naturschutzgebiet zählt und die beiden kleineren Inseln Kälberwerder und Kanincheninsel.